Должен ли выписываться счет-фактура на агентский сбор при приобретении авиа и жд билетов, если данный сбор с учетом НДС указан в проездном билете?

Компания приобретает авиа, ж/д билеты через туристическое агентство для своих сотрудников, направляемых в командировку. Для этого агентству согласно заключенному договору авансируются денежные средства на приобретение билетов согласно поданным заявкам. Агентство по итогам деятельности предъявляет счет-накладную с указанием номеров электронных билетов и их стоимости.Должно ли агентство на сумму агентского сбора предъявлять счет-фактуру и акт выполненных работ по приобретенным билетам? Отсутствие счетов-фактур объясняется агентством тем, что сумма агентского сбора с выделенной суммой НДС уже указаны в электронном билете, как авиа, так и ж/д.