Какая ставка ИПН должна исчисляться с расходов на оплату перелета физических лиц нерезидентов и резидентов? 

В отношении оплаты стоимости проезда за сторонних физических лиц-нерезидентов РК, не являющихся работниками Вашей Организации:

В соответствии с положениями п. 1 ст. 655 Налогового кодекса РК доходы физического лица-нерезидента из источников в РК облагаются ИПН у источника выплаты по ставкам, указанным в ст. 646 Налогового кодекса РК, без осуществления налоговых вычетов.

Согласно положениям пп. 25) п. 1 ст. 644 Налогового кодекса РК доходами нерезидента из источников в РК признаются доходы физического лица-нерезидента в виде материальной выгоды, полученной от лица, не являющегося работодателем.

Материальной выгодой признается в т.ч. оплата и (или) возмещение стоимости товаров, выполненных работ, оказанных услуг, полученных физическим лицом-нерезидентом от третьих лиц.

Учитывая положения ...