Новым Налоговым кодексом от 18 июля 2025 года №214-VIII ЗРК предусмотрен с 1 января 2026 года контроль выписки электронных счетов-фактур (ЭСФ) (автоматизированный и сопоставительный) в целях пресечения выписки ЭСФ с высоким риском.

Автоматизированный контроль - автоматизированный процесс присвоения в информационной системе налогового органа регистрационного номера ЭСФ, выписанному налогоплательщиком, отнесенному к отдельной категории налогоплательщиков.

При присвоении регистрационного номера ЭСФ учитываются данные налогового счета плательщика НДС в информационной системе оператора автоматизированного контроля.

Категории налогоплательщиков, в отношении которых проводится автоматизированный контроль, утверждаются уполномоченным органом.

В ходе автоматизированного контроля в информационной системе налогового органа производится расчет налога по утвержденной формуле (статья 140 НК РК).

По итогам расчета налога в случае, если сумма налога, указанная в ЭСФ, не превышает балансовую сумму налога, то такому ЭСФ автоматически присваивается регистрационный номер. ЭСФ, которому не присвоен регистрационный номер, считается не выписанным.

Плательщик налога вправе пополнить налоговый счет собственными деньгами для увеличения балансовой суммы налога.

Неиспользованные деньги для выписки ЭСФ подлежат возврату на банковский счет плательщика налога по его заявлению о возврате средств в течение 1 рабочего дня. Не заявленные к возврату деньги используются в счет обеспечения выписки ЭСФ следующего налогового периода. Использованные средства для выписки ЭСФ по итогам отчетного налогового периода засчитываются в счет уплаты налога.

Сопоставительный контроль - мероприятие, осуществляемое налоговым органом путем сопоставления выписанных налогоплательщиком ЭСФ с данными:

• ЭСФ, выписанных его поставщиками;
• налоговой отчетности;
• сведений иных уполномоченных государственных органов по деятельности налогоплательщика, в том числе об объектах налогообложения и (или) объектах, связанных с налогообложением;
• сведений банков второго уровня по банковским счетам.

Сопоставительный контроль проводится налоговым органом в целях установления фактического совершения оборота по реализации товаров, оказанию работ и услуг по выписанным в пределах срока исковой давности ЭСФ.

По результатам проведенного сопоставительного контроля в случае выявления операций по реализации товаров, выполнению работ и оказанию услуг, по которым у налогового органа имеются сомнения в фактическом их совершении, налогоплательщику, совершившему оборот по такой реализации, представляется уведомление о подтверждении фактического совершения оборота по реализации товаров, выполнению работ и оказанию услуг.

Уведомление исполняется налогоплательщиком в случае:

• согласия с отсутствием факта совершения оборота по ЭСФ, указанным в уведомлении, путем отзыва таких ЭСФ и представления пояснения об их отзыве;
• несогласия с отсутствием факта совершения оборота по ЭСФ, указанным в уведомлении, путем представления пояснения с обоснованием, подтверждающим фактическое совершение оборота, с обязательным приложением копий документов по операциям (сделкам) и (или) по происхождению товаров, а также любых других документов, подтверждающих фактическое выполнение работ, оказание услуг.

Пояснение представляется в произвольной форме и должно содержать:

• идентификационные данные налогоплательщика и налогового органа, представившего уведомление;
• номер и дату уведомления;
• обоснование несогласия.

Налогоплательщик к пояснению вправе приложить копии документов, подтверждающих его доводы.

При неисполнении налогоплательщиком уведомления налоговый орган в течение 1 рабочего дня, следующего за днем истечения срока исполнения такого уведомления:

• выносит распоряжение о приостановлении расходных операций по банковским счетам налогоплательщика;
• приостанавливает выписку ЭСФ.

Сведения о налогоплательщиках, которым приостановлена выписка ЭСФ, размещаются на интернет-ресурсе уполномоченного органа в течение 1 рабочего дня, следующего за днем вынесения решения о приостановлении выписки ЭСФ.

Налоговый орган направляет извещение по взаиморасчетам, указанным в уведомлении, контрагентам налогоплательщика, уведомление которого признано неисполненным или не исполнившего уведомление.