Началом проведения налоговой проверки считается дата вручения налогоплательщику (налоговому агенту) предписания или дата составления акта об отказе налогоплательщика (налогового агента) в подписи на предписании.

Должностные лица налогового органа, проводящие налоговую проверку, обязаны предъявить налогоплательщику (налоговому агенту) свое служебное удостоверение.

Должностное лицо налогового органа, проводящее налоговую проверку, вручает налогоплательщику (налоговому агенту) подлинник предписания. В копии предписания ставятся подпись налогоплательщика (налогового агента) об ознакомлении и получении предписания, дата и время получения предписания.

Налоговая проверка - проверка, осуществляемая органами налоговой службы, исполнения налогового законодательства РК. Участниками налоговых проверок являются должностные лица органов налоговой службы, указанные в предписании, иные лица, привлекаемые к проведению проверки в соответствии с Налоговым Кодексом, и налогоплательщик.

Налоговые проверки осуществляются исключительно налоговыми органами.

В соответствии с п.3 ст.145 Налогового Кодекса РК внеплановые налоговые проверки осуществляются:

1) по налоговому заявлению или по жалобе самого налогоплательщика (налогового агента), в том числе:

в связи с реорганизацией путем разделения или ликвидацией юридического лица-резидента, структурного подразделения юридического лица-нерезидента;

в связи с прекращением юридическим лицом-нерезидентом деятельности в Республике Казахстан, осуществляемой через постоянное учреждение;

в связи с прекращением деятельности индивидуального предпринимателя;

в связи со снятием с регистрационного учета по налогу на добавленную стоимость;

в связи с жалобой налогоплательщика (налогового агента) на уведомление о результатах проверки;

2) по налоговому заявлению налогоплательщика по подтверждению достоверности сумм превышения налога на добавленную стоимость, представляемому в связи с применением им пунктов 1 и 2 статьи 432 настоящего Кодекса.

При этом налоговые заявления, указанные в настоящем подпункте, могут быть поданы до даты:

принятия в эксплуатацию зданий и сооружений производственного назначения;

начала экспорта полезных ископаемых, добытых в рамках соответствующего контракта на недропользование;

3) по основаниям, предусмотренным Уголовно-процессуальным кодексом Республики Казахстан;

4) в случае неисполнения налогоплательщиком (налоговым агентом) уведомления налоговых органов об устранении нарушений, выявленных по результатам камерального контроля, в порядке, определенном статьей 96 настоящего Кодекса.

Положение настоящего подпункта не применяется в период, указанный в пункте 4-1 статьи 96 настоящего Кодекса, и в период рассмотрения вышестоящим налоговым органом и (или) уполномоченным органом или судом жалобы на решение, указанное в пункте 4 статьи 96 настоящего Кодекса;

5) в связи с истечением срока действия контракта на недропользование;

6) по вопросам определения взаиморасчетов между налогоплательщиком (налоговым агентом) и его дебиторами в соответствии с налоговым законодательством Республики Казахстан, в том числе в случаях:

непредставления налогоплательщиком (налоговым агентом) по требованию налогового органа в установленный срок списка дебиторов либо представления сведений об отсутствии дебиторов;

непредставления дебитором по требованию налогового органа в установленный срок акта сверки взаиморасчетов с налогоплательщиком (налоговым агентом);

7) по требованию налогоплательщика в декларации по налогу на добавленную стоимость по подтверждению достоверности сумм превышения налога на добавленную стоимость, предъявленных к возврату;

8) по налоговому заявлению нерезидента на возврат подоходного налога из бюджета в связи с применением положений международного договора, регулирующего вопросы избежания двойного налогообложения и предотвращения уклонения от уплаты налогов, а также в связи с обращением нерезидента о повторном рассмотрении такого налогового заявления;

9) по вопросам исполнения банками и организациями, осуществляющими отдельные виды банковских операций, обязанностей, установленных налоговым законодательством Республики Казахстан, а также иными законами Республики Казахстан, контроль за исполнением которых возложен на налоговые органы;

10) по вопросам определения налогового обязательства по действию (действиям) по выписке счета-фактуры, совершение которого (которых) признано судом осуществленным (осуществленными) без фактического выполнения работ, оказания услуг, отгрузки товаров;

11) на основании решения уполномоченного органа;

12) на основании решения налогового органа в случаях, установленных пунктом 5 статьи 142, пунктом 2 статьи 144 настоящего Кодекса и пунктом 7 настоящей статьи.

Внеплановые налоговые проверки, указанные в пункте 3 настоящей статьи, могут осуществляться за ранее проверенный период.

На основании решения налогового органа по месту нахождения, указанному в регистрационных данных налогоплательщика, и (или) по месту нахождения объекта налогообложения и (или) объекта, связанного с налогообложением, осуществляется проведение налоговых проверок по вопросам:

- постановки на регистрационный учет в налоговых органах;

- наличия контрольно-кассовых машин;

- наличия оборудования (устройства), предназначенного для осуществления платежей с использованием платежных карточек;

- наличия товарно-транспортных накладных на импортируемые товары и соответствия наименования товаров сведениям, указанным в товарно-транспортных накладных, при проверке автотранспортных средств на постах транспортного контроля или дорожной полиции;

- наличия подлинности акцизных и учетно-контрольных марок, наличия и подлинности сопроводительных накладных на алкогольную продукцию, нефтепродукты и биотопливо, табачные изделия, наличия лицензии;

- соблюдения порядка применения контрольно-кассовых машин;

- соблюдения правил лицензирования и условий производства, хранения и реализации отдельных видов подакцизных товаров;

- исполнения распоряжения, вынесенного налоговым органом о приостановлении расходных операций по кассе.

Налоговые органы вправе проверять структурные подразделения юридического лица независимо от проведения налоговой проверки самого юридического лица.

При снятии с учетной регистрации структурного подразделения юридического лица-резидента ликвидационная налоговая проверка не проводится, за исключением случаев представления налогоплательщиком налогового заявления на проведение налоговой проверки в связи с ликвидацией структурного подразделения.